人類是淋球菌的唯一天然宿主，主要侵犯粘膜，尤其對單層柱狀上皮和移行上皮所形成的粘膜有親和力。感染后淋菌侵入男性前尿道、女性尿道及宮頸等處，由于其表面的菌毛含有粘附因子，因而粘附到柱狀上皮細胞的表面進行繁殖，并沿生殖道上行，通過柱狀上皮細胞的吞噬作用而進入細胞內繁殖，導致細胞溶解破裂，淋球菌遂被排至細胞外的粘膜下層。
淋球菌內毒素及淋菌表面外膜產生的脂多糖與補體結合產生一種化學毒素，能誘導中性粒細胞聚集和吞噬引起局部急性炎癥，出現充血、水腫、化膿和疼痛。當細菌進入尿道腺體和隱窩后，腺管開口及隱窩被阻塞，潛藏的細菌成為慢性淋病的主要病灶。
1、通過性接觸傳染：主要是通過性交或其他性行為傳染。男性淋病幾乎都是由性交接觸引起的，女性淋病也可由性交直接感染，也可由其他方式感染。淋病患者是傳染源，性接觸是淋病主要傳播方式，傳播速度快，而且感染率很高，感染后3-5天即可發病。感染人群中以青壯年為主。
2．非性接觸傳染（間接傳染）：此種情況較少，主要是接觸病人含淋病雙球菌的分泌物或被污染的用具，如沾有分泌物的毛巾、腳布腳盆、衣被，甚至于廁所的馬桶圈等均可傳染，特別是女性（包括幼女），因其尿道和生殖道短，很易感染。新生兒經過患淋病母親的產道時，眼部也可引起新生兒淋菌性眼炎，妊娠期婦女淋病患者可引起羊膜腔內感染，包括胎兒感染。
成人特別是男性淋病99%-100%屬于性交傳染。目前，我國以暗娼為主要傳染源。調查資料表明，在淋病患者中男女一次性交感染率為22%-35%；男女雙方感染率是男性易于傳染給女性。一次性交男性傳染給女性的感染率為50%-90%，女性傳染給男性的為25%-50%，感染率與性交次數成正比。男性與女性病人性交感染率平均為19%-25%，2次為35%，3次為49%，4次為57%
